慕容博化身燕龍淵，藏身河南登封，竊鈔少林秘笈
《天龍八部》第四十二回版本回較
金庸書系在進入尾聲前，總是會用「大會戰」來將全書的「武鬥」拉向最高潮，如《射鵰》郭靖與黃藥師、洪七公「華山論劍」、《神鵰》楊過以「黯然銷魂掌」與金輪國師的「龍象般若功」進行漢胡大對決、《倚天》中張無忌在少林寺「屠獅英雄會」與周芷若「九陽」對「九陰」的激戰，以及《笑傲》中令狐冲參與五嶽劍派併派之戰。
這些「最後高潮型」的「全書高手大決戰」，以《天龍》的「少林寺大對決」最是精彩，原因即在《天龍》的小說結構不同於其他小說，不論是《射鵰》、《神鵰》、《倚天》或《笑傲》，讀者們均知，郭靖、楊過、張無忌與令狐冲，即使與戰未必得勝，卻也必定能於決戰中大放異彩。
相較於《射鵰》至《笑傲》的「個人傳記型」故事，唯有《天龍》是「水滸傳體」小說，因為人物的份量並無偏重，因而這場少林大會戰，讀者關注的焦點並非單一主角，而是蕭峰、段譽、虛竹、慕容復、游坦之五大男主角，再加上逍遙派餘孽丁春秋，故使整場大戰令人屏息閱讀，緊張而精彩。
先說此回一版到二版的改變。
且由慕容復敗於蕭峰，欲持劍自殺，慕容博以暗器撞開慕容復手中長劍說起。
一版慕容博於少林寺登場時，裝扮是「白衣僧」，然而，少林寺中根本沒有「白衣」僧人，慕容博如何以異於他僧的奇裝異服在寺中行走偷書，而無人察覺呢？
二版將慕容博的裝扮改為「灰衣僧」，如此便與少林僧人服飾一同了。
慕容博出現後，問慕容復的第一句話是：「你有兒子沒有？」
一版說，群雄待見這發射暗器的白衣僧人走到慕容復身前，問的卻是這樣一句話，不由得又是奇怪，又是好笑。
這段二版刪了，當此之時，局面肅穆，誰會覺得「好笑」，又有誰敢笑上一笑？
一版又說，群雄見慕容博「所穿的僧服，與少林寺僧侶所穿的亦頗為不同。」因二版慕容博已從「白衣」改穿「灰衣」，自然刪了此話。
慕容博出場時，段譽已為慕容復的判官筆刺中右肩。一版說慕容博這白衣僧第三指點判官筆的尾端，那判官筆忽如活了一般，向前疾射而出，餘勢不衰，拍的一聲，插入了一株松樹幹。
若照一版所說，段譽豈不是像被「槍榴彈」射中一般，傷勢怎能不重？
二版改為慕容博這灰衣僧指風點處，判官筆從段譽肩頭反躍而出，拍的一聲，插入地下。
二版的寫法邏輯上怪異，指風怎麼能倒勾出判官筆？這可不是送入指力，而是以一指之力行「擒龍功」或「控鶴功」了？但這一改，段譽就不必受重傷了。
故事再說到少林寺執戒律，杖責虛竹，虛竹露出腰背，只見腰背之間整整齊齊的燒著九點香疤。葉二娘因而知曉虛竹是其親生愛兒。
葉二娘向玄寂道：「他是我的兒子，你不許打他！」一版接著說，虛竹驀地想起，那日拆解珍瓏棋局之時，見到葉二娘和丁春秋神態親熱，葉二娘口口聲聲叫他什麼「春秋哥哥」，顯然二人之間頗有曖昧，莫非自己竟是丁春秋的兒子？這一下可不得了，母親是聲名狼籍的葉二娘，居位四大惡人的第二位，父親倘若真是丁春秋，那聲名尤其惡劣。更糟的是，自己適才還將他打得狼狽不堪，親手在他身上種了七片生死符。那……便如何是好？
虛竹偷眼向丁春秋瞧去，心下大是不安，臉上一陣紅。一陣白，轉頭又瞧葉二娘，盼她說出自己父親到底是誰，但想一說出來如果竟然是星宿老怪丁春秋，那還不如不說的好。可是他自幼無父無母，會見母親之後，又盼見生父，縱然父親是丁春秋，那也決不能不認。
二版刪去了這整大段。葉二娘不再是玄慈與丁春秋盡皆可夫的不貞之女，而是改作一生唯愛玄慈的節烈女子。當然，金庸是很注重大俠出身的作者，連楊過的母親都得由「秦南琴」改為「穆念慈」，怎能讓虛竹的父親是丁春秋呢？自是以堂堂少林方丈出身的玄慈來當虛竹大俠之父為宜！
接著，葉二娘向虛竹大聲道：「是哪一個天殺的狗賊，偷了我的孩兒，害得我母子分離二十四年？孩兒，孩兒，咱們走遍天涯海角，也要找到這個狗賊，將他千刀萬刮，斬成肉漿。你娘鬥他不過，孩兒武功高強，正好給娘報仇雪恨。」
蕭遠山聞言，緩緩說道：「你這孩兒是給人家偷去的，還是搶去的？你面上這六道血痕，從何而來？」
一版的蕭遠山又道：「那日你中了王星天的寒冰毒掌，性命已然難保，是誰救活你的？」葉二娘道：「我不知道。難道……難道是你？」蕭遠山點頭道：「不錯，是我。」葉二娘那日受傷奇重，昏昏迷迷中只知有人以深厚內力為己療傷，醒轉後那人便不知去向。她事後問過丁春秋和段延慶，得知並非他二人所救，這事在她心中始終成為一個謎團，自忖作惡多端，劣跡昭彰，正道中人無不欲誅己而後快，除了丁段二人交好之外，那裡還有甚麼一流高手會救自己性命？今日眼見黑衣僧示了驚世駭俗的武功，他聲稱自己性命乃彼所救，諒來不假。
這一段二版全刪，刪去的原因當是二版葉二娘未中王星天寒毒。不過，一版蕭遠山頗為陰沉，將自己當做黑暗中的大貓，要這些仇家生既不得，死亦不能的功夫，實是勝過二版，這又違金庸筆下契丹蒙古等外族之人較無心機的民族天性。
而後，蕭遠山對葉二娘朗聲道：「這孩子的父親，此刻便在此間，你幹麼不指他出來？」葉二娘驚道：「不，不！我不能說。」
一版說虛竹的眼光只是向丁春秋射去。二版刪了此說。
最後，玄慈當眾自承就是虛竹的生父。
玄慈而後提高聲音，說道：「慕容博慕容老施主，當日你假傳音訊，說道契丹武士要大舉來少林寺奪取武學典籍，以致釀成種種大錯，你可也曾絲毫內咎於內嗎？」
一版說眾人突然聽他說出「慕容博」三字來，都是大吃一驚。群雄之中，只有見聞廣博，閱歷豐富之人，才聽說過「姑蘇慕容」的先輩人物中，有一個名叫慕容博的，只是此人詭秘，極少有人見過他的真面目，近數十年來早已無人再提。怎麼玄慈會突然叫出這個名字來？
一版的慕容博若真沒沒無聞到這般程度，玄慈怎會去信一個江湖無名小卒的荒唐報訊，就衝到雁門去狂殺亂砍呢？
二版改為眾人突然聽到他說出「慕容博」三字，又都是一驚。群雄大都知道慕容公子的父親單名一個「博」字，聽說此人已然逝世，怎麼玄慈會突然叫出這個名字來？
玄慈揭破慕容博假傳訊息，導致宋遼武人血戰之事後，一版慕容博哈哈一笑，道：「宋人與契丹人乃是世仇，見面即殺，還分什麼是非？孩兒，咱們走吧！」一轉身，攜了慕容復之手便欲離去。蕭峰大聲喝道：「且慢！便這麼容易想走麼？」慕容博道：「怎麼？你想領教我姑蘇慕容的武功？」蕭峰道：「殺母之仇，能不報？」種種禍害，皆由你身上而起，今日教你難逃公道。」
蕭家父子而後與慕容家父子追入了少林寺。
一版的慕容博還真單純地可愛，在少林寺大犯眾意的他，竟還天真地以為可以隨意地與慕容復攜手脫身。
二版改為蕭峰踏上兩步，指著慕容博喝道：「慕容老賊，你這罪魁禍首，上來領死吧！」蕭家父子便與慕容家父子追入了少林寺。
蕭家父子便與慕容家父子雙雙離去後，玄慈當眾受完二百法杖。
受完刑杖後，葉二娘與虛竹走到玄慈身旁。一版玄慈道：「少林寺玄字輩四僧死於人手。玄痛、玄難兩位師弟，係星宿派掌門丁先生所害。玄苦師弟乃蕭遠山施主所殺，老衲起初只道是『姑蘇慕容』氏下的毒手，待見到慕容復施主，心想憑他本事，可還傷不了玄悲師弟，苦苦思索，難得頭緒。適才見到慕容博老施主出手阻他兒子自殺，這才想起這位故人原來竟然未死，『以彼之道，還施彼身』果然是天下一等一的絕技。只是少林派和慕容老施主素無怨仇，不知他何以如此苦心焦慮，圖謀本派，這就非老衲所知了。」少林群僧心下悲憤，齊聲叫道：「活捉慕容博來處死，為玄悲大師復仇。」玄慈搖了搖頭，臉露微笑，緩緩的道：「眾生各有各的不是，各有孽，唯望佛法慈悲消解。」他伸出手去，一手抓住葉二娘的手腕，一手抓住虛竹，說偈道：「人生於世，有欲有愛，四大皆空，甚難甚難！」說罷慢慢閉上了眼睛。
一代高僧溘然長逝。但一版的玄慈與二版可說截然不同，一版的玄慈直至圓寂前，念茲在茲，都在少林寺的令名，及放不下心的玄字輩四僧血案。二版則將玄慈改為慈愛的父親。
受完法杖後，二版說玄慈伸出手，右的抓住葉二娘的手腕，左手抓住虛竹，說道：「過去二十餘年來，我日日夜夜記掛著你母子二人，自知身犯大戒，卻又不敢向僧眾懺悔，今日卻能一舉解脫，從此更無罣掛恐懼，方得安樂。」說偈道：「人生於世，有欲有愛，煩惱多苦，解脫為樂！」說罷慢慢閉上了眼睛，臉露祥和微笑。
玄慈自絕經脈而死。一版說道，雖然僧人自盡，亦屬犯戒，但玄慈此舉顯然是以一死來表明自己罪孽之重，懺悔之深，非二百杖的棍責可以抵消。
二版刪去了這段，金庸不再帶著讀者探討玄慈自殺所犯戒律了。往者已矣，就放了玄慈一馬。
一版到二版的修訂至此，接著看二版到新三版的改變。
新三版的變革，是將慕容博與蕭遠山的恩怨仇恨，以及潛伏少林寺盜經的來龍去脈，解釋得一清二楚，且來看看新三版的說法。
故事要從慕容復敗在蕭峰手下，並欲橫劍自刎說起。
慕容復自盡時，有一灰衣僧以暗器撞開他手中長劍，此灰衣僧自是慕容博。
在慕容博之後，蕭遠山亦來到少林寺。二版蕭遠山的裝扮是「光頭黑髮，也是個僧人，黑布蒙面，只露出一雙冷電般的眼睛。」
新三版的蕭遠山不再是「黑衣僧」了，改為「黑布蒙面，只露出一雙冷電般的眼睛。」
二版蕭峰見到黑衣僧時，已認出便是那日在聚賢莊救他性命的黑衣大漢。當時那黑衣大漢頭戴氈帽，身穿俗家衣衫，此刻則已換作僧裝。新三版自是刪為蕭峰已認出便是那日在聚賢莊救他性命的黑衣大漢。
為甚麼蕭遠山從一、二版的「黑衣僧」改為「黑衣大漢」，原因即在一、二版說慕容博與蕭遠山於少林寺中潛伏數十年。想來兩條大漢混跡少林寺中，就算剃個光頭，難道就能於飲食、睡覺時混入少林寺僧侶中，不為人所察覺嗎？又若不混在僧侶群中，慕容博與蕭遠山要如何解決長年累月，每一天都要面對的飲食睡眠等生理問題呢？
新三版的修改是，慕容博與蕭遠山不再藏身少林寺「中」，而是藏在少林寺「旁」，既然不須混在僧侶群中，蕭遠山自也不須剃頭扮僧人了。
慕容博與蕭遠人朝相後，灰衣僧道：「你是誰？」黑衣僧（新三版黑衣人）亦道：「你又是誰？」
二版說群雄聽黑衣僧說了這兩個字，心中都道：「這和尚聲音蒼老，原來也是個老僧。」這句話新三版自然刪了。
慕容博與蕭遠山開始對談了起來。
二版這段談話是：那灰衣僧道：「你在少林寺中一躲數十年，為了何事？」
黑衣僧道：「我也正要問你，你在少林寺中一躲數十年，又為了何事？」
二僧這幾句話一出口，少林群僧自玄慈方丈以下無不大感詫異，各人面面相覷，都想：「這兩個老僧怎麼在本寺已有數十年，我卻絲豪不知？難道當真有這等事？」
只聽灰衣僧道：「我藏身少林寺中，為了找尋一些東西。」黑衣僧道：「我藏身少林寺中，也為了找尋一些東西。我要找的東西，已經找到了，你要找的，想來也已找到。否則的話，咱們三場較量，該當分出了高下。」灰衣僧道：「不錯。尊駕武功了得，實為在下生平罕見，今日還再比不比？」黑衣僧道：「兄弟對閣下的武功也十分佩服，便再比下去，只怕也不易分出勝敗。」
眾人忽聽這二僧以「閣下、兄弟」口吻相稱，不是出家人的言語，更加摸不得頭腦。
灰衣僧道：「你我互相欽服，不用再較量了。」黑衣僧道：「甚好。」
新三版將這段對話改為：那灰衣僧道：「你在少林寺旁一躲數十年，少林派武功秘本盜得夠了麼？」
黑衣人道：「我也正要問你，你在少林寺旁一躲數十年，少林寺藏經閣中的鈔本鈔得夠了麼？」
二僧這幾句話一出口，少林群僧自玄慈方丈以下，無不大感詫異：「這兩人怎麼互指對方偷盜本寺的武功秘本？難道真有此事？」
只聽灰衣僧道：「我藏身少林寺中，為了借閱一些東西。」黑衣人道：「我藏身少林寺旁，也為了借閱一些東西。咱們三場較量，該當分出了高下。」灰衣僧道：「不錯。尊駕武功了得，多蒙指點，甚為感激。」黑衣人道：「閣下心不自滿，精進不懈，兄弟甚為佩服。」
灰衣僧道：「既然如此，你我不用再較量了。」黑衣僧道：「甚好。」
二版灰衣與黑衣二僧，說話隱晦不明，當是為了不願當下冒犯少林寺，惹禍上身；新三版一改後，灰衣僧與黑衣人二人，一見面就互相問於少林寺偷盜秘笈之事，豈難道不怕少林寺群僧起攻擊嗎？
但雖然新三版的慕容博與蕭遠山二人言語中對少林寺頗有挑釁之意，卻還是如二版一般，接下來的情節是：二僧點了點頭，相偕走到一株大樹之了，並肩而坐，閉上了眼睛，便如入定一般，再也不說話了。
可怪的是，新三版兩人言語中對少林寺冒犯至此，少林寺真能容忍二人就此入定而不聞不問嗎？
接下來是新三版加寫近10頁的內容，將慕容博與蕭遠山數十年的事蹟詳加細述，且來看這段新三版的新內容：
灰衣僧在大樹下閉目打坐，過去幾十年的往事，一幕幕的在心中紛至迭來：
往事依稀
這個灰衣僧，便是慕容復的父親慕容博。這些年來，他隱姓埋名，詐死潛伏，其實常在中原暗中活動。
那一年，慕容博魂飛魄散的從雁門關外桃回蘇州燕子塢參合莊，在門戶緊閉的地窖裡躲了七天。這七日來，他全身顫抖，心下駭懼，不論妻子如何柔聲安慰，溫言開解，他心中的恐懼始終減不了一分一毫。雁門關外那血肉橫飛的情景令他難以成眠，便是在睡夢之中，也總見到那個滿臉虬髯的大漢，圓睜雙目，眼中似在滴血，又似要噴出火來，他左掌揮擊、右手刀劈，便有人筋骨碎裂，腦袋落地。慕容博遠遠躲在山巖之後，見到這契丹人片刻間便殺了己方十幾個漢人豪傑，見他踢倒帶頭大哥和丐幫幫主汪劍通，見他以短刀在山壁上刻字，見他縱身躍入深谷，又見他從山谷中拋上一個嬰孩……慕容博在山巖後躲了良久，直到天色已黑，一名漢人武人抱了那孩子，帶著帶頭大哥和汪劍通離去，他依然渾身僵直，要走一步路也難……
慕容博自幼受祖父、父親之教，以「中興燕國」為畢生職志，然其時宋遼交好，兵戎不興，全無可乘之機，於是慕容博攜帶資財，遠赴遼國，設法與契丹貴人結交，更進一步熟識了遼國宮廷內情，得知遼國太后掌權，而太后最信任的族人，乃屬珊軍總教頭蕭遠山。此人武功極高，平生主張遼宋交好，每當遼朝有將帥官員倡議侵宋，蕭遠山必向太后進言，力陳兩國休兵之福：遼國正坐收宋朝銀帛，朝野富足，一但兵連禍結，不但生民塗炭，且奸佞弄權，家國必亂。
大后對蕭遠山甚為信服，因此侵宋之議始終未成。慕容博料知復國之機當在除去此人，於是暗中籌謀，打聽此人平素喜好，欲設法從其弱點下手。這日聽得蕭遠山的一個親戚說起，九月初八是蕭遠山岳父的生辰，該日他必攜同妻兒前往武州拜壽。自遼國前往武州，往往取道雁門關至長城之南，再西向武州，此途地勢平坦，遠較塞北的崎嶇山路易於行走。
慕容博獲此消息，其時正當八月炎暑，便即趕赴少林寺報訊，說道遼國派出高手，於重陽節前後大舉進襲少林寺，意在劫奪寺中所藏武學典籍，以上乘武功傳授兵將。不出數年，遼國大軍南下，疆場之上，宋軍決非其敵，漢人江山便危亡無日了。
此事關係著天下蒼生及中原武林的命脈，少林群僧當即傳訊，召集各路英雄共謀對策。慕容博甫自遼國上京南歸，於遼國朝廷動靜、軍情兵馬，無不說得一清二楚，沒半點破綻。群雄議定，便分批前往武州、代州、朔州、應州設法阻截。雁門關是遼國南下要道，中原武林更集中好手，守在雁門關外隱僻之處，終於截到蕭遠山一行。雖然殺了他妻子，但蕭遠山武功之高，委實令人駭怖萬分，難以想像……
群雄發見事態有變，定會登門探問，這一節慕容博早已料知，他不願、也不能面對武林朋友的質問，因為自己確是造了謠，騙了人，目的是要挑起宋遼之間的爭端，盼能得有「興復燕國」的契機，如何能直承其事？自己武功雖然不弱，但漢人群豪人多勢眾，終究難以抵擋。回入雁門關後，他立即南歸，隱居於家中地窖，絕足不出。期間少林寺曾派人前來查訪，他與妻子早擬妥說辭，只說他於大半年前離家出遊，迄今未返，家人異常掛念，還請少林高僧代為尋訪。
慕容氏先祖龍城公創下一門「斗轉星移」絕技，儘管這項能轉移對手攻勢來路的精妙武學，為慕容氏創下「以彼之道，還施彼身」的響亮名頭，但卻頗有「依人作嫁」的意味。心想，少林武功是中原武學之首，如能求得七十二絕技功訣，傳授於暗中糾舉的羽翼人馬，則慕容氏復國實力將如虎添翼，更形壯大。
慕容氏數代圖謀興復，家中金銀山積。與妻子商議後，慕容博化裝易容，扮作個商販，帶了不少金銀，來到河南府登封，先在縣城裡做些土產生意，結識當地商家行販，再到少林寺左近農地收購土產，接著購置屋宇田地，落戶當地。他深謀遠慮，時常頭戴斗笠、肩負鋤頭，在藏經閣後山耕種菜蔬果物，結識了藏將閣的幾名管事僧人，經常送些桃杏梨棗等農產鮮果。不出半年，便將藏經閣中如何防火曬書、輪班當值、典藏秘本等情況探查得一清二楚。一人有心，餘人無意，諸管事和尚也不以為意。少林寺一向與人為善，有人借閱佛經，素來頗為歡迎，慕容博初時借幾本《阿彌陀經》、《地藏菩薩本願經》、《觀音菩薩普門品》之類佛經，漸借漸深，借到了《金剛般若波羅密經》等經書。
他見時機成熟，管事諸僧對他毫不起疑，一晚三更之後，便悄悄摸入藏經閣，在書架上找到一本《拈花指法》，不禁大喜若狂。攜回住處仔細翻閱，見鈔本中詳述修習法門，由淺入深，奧妙無匹，書中載明功成後指力可穿木刺磚，威力極大。慕容博當即剔亮油燈，取出紙筆，將這本《拈花指法》詳細鈔錄。隔日晚間，慕容博又潛入藏經閣，將《拈花指法》放還原處，另取了四本《大金剛拳法》。他機警異常，每見閣中稍有異狀，便潛伏數日。以他武功之高，借還秘本之際，自也不為管事僧人察覺。
如此鈔錄四月有餘，已得二十八門、共三十餘冊秘笈副本。其時已然入冬，年暮歲晚，他掛念妻子，返回蘇州，攜回三十來冊秘術鈔本，可說滿載而歸。他將鈔本藏入地窖，揀選數門絕技，每日裡依法修習，勤練不輟。是年冬天，慕容博的妻子懷了身孕，慕容博便長留蘇州，等待妻子生育。他為兒子取名慕容復，盼望兒子克紹箕裘，繼承先祖遺志。
慕容博展讀先祖遺訓，復國之志在胸中奔騰翻湧，於是起始留鬚，臉上塗以淡墨，將膚色變得黝黑，同時穿錦著繡，他妻子更將他兩條長眉斜畫向下，加深嘴角法令，令他瞧來臉容愁苦，此時倘若遇到江湖舊侶，別人也決計認他不出。他易容改裝之後，出外廣結友朋，自稱姓燕名龍淵，做的是祖傳的珠寶生意，而原來一口蘇州話，也改為河南登封一帶的北方話，慕容氏數代積聚，家財豪富，慕容博拿到江湖上使用，出手豪闊，氣派非凡，急人之難，濟人之困，結交了不少知交好友。
入秋之後，他再度扮作商販前往登封，居於舊居，晚間便潛入藏經閣借取武學秘本，數月之後，又鈔得十餘本功訣。一日午夜，他在閣中揀閱書冊，見左手書架上擺著一疊鈔本，最上一冊封皮題簽「般若掌精要」，當下取了一本，揣入懷中。正要轉身走出閣門，忽然身後風聲颯然，有人在他左肩一拍，低聲道：「跟我來！」
慕容博大驚，怎地有人近身卻毫無警覺？回頭看時，只見一個魁梧的人影閃身出閣，便發足跟在他身後。那人奔出數里，來到山谷中一塊平野之上。那人陡然止步，轉身豆：「你偷學少林武功，成就不錯了罷？待我試試。」說著出掌拍來。慕容博不敢大意，舉掌相迎，撂開敵掌時，只覺來掌勢道凌厲，內勁雄渾，當即退開一步，說道：「在下斗膽向少林藏經閣借鈔武學典籍，鈔過之後，原本歸還，不敢有絲毫損毀。鈔本僅供在下一人自學，決不轉授旁人。不知閣下是否少林弟子？還請高抬貴手，不予追究。」
那人哈哈一笑，說道：「在下並非少林弟子，反與少林派有點樑子，遲早要和寺中高手拼決生死。我也要借閱少林派武學秘笈，且看少林派名滿天下，到底有無真材實學，亦欲確知少林絕技是否當真了得。以後咱二人如在藏經閣中相遇，大家不必顧忌，各行其是便了。」慕容博道：「如此再好沒有。在下燕龍淵今日結識高賢，幸何如之。」那大漢拱手道：「燕兄不必客氣，就此別過！」轉身發足，往右側山坡上疾行而去。
自從那晚遇人對掌之後，慕容博的行動更加收斂謹慎，又鈔錄十餘冊秘笈之後，心中掛念嬌妻愛兒，便即南歸。
次年慕容博再上登封，每晚續錄鈔本。兩個月之後，又與那大漢在藏經閣外相遇，那大漢約他再去試掌，言下並無惡意。兩人二度交手，拆到百餘招後，慕容博向後一躍，躬身道：「多承指點，在下不是閣下對手！」那大漢道：「燕兄不必太謙。你不肯自滿，是好漢子，在下佩服之至。咱們明年再會！」
這個約會，等如是考校慕容博的武功，他立即動身，返回蘇州練武。秋去冬來，慕容博告別夫人，又去登封商販，晚間潛入藏經閣鈔錄，數月之間，又鈔了三十餘冊。這晚進入藏將個，往書架上看去，除了已鈔錄過的秘笈之外，書架上全是《華嚴經》、《摩訶般若經》、《大智度論》、《中部阿含經》、《長部阿含經》等經書，不見有一本內功秘法。他嘆了口氣，心想所錄的少林絕技已有五六十門之多，每一門功夫都得花上數年時間習練，手中已有的功訣，這一生無論如何是練不完了，今後不必再來，以免為寺中高手察覺。出得閣來，抬頭望著空中一輪明月，忽然間心頭一輕，猶如移去了一塊大石，登覺神清氣爽。
突然間有人自右首欺近身來，說道：「燕兄，咱們再試試掌去！」正是那魁梧大漢。兩人奔至山谷中的平野，那大漢更不打話，劈面便是一掌，慕容博揮掌擋開，兩人掌來掌往，不出絲毫聲息。那大漢的掌法變幻多端，慕容博逐一施展少林絕技中的「般若掌」、「無相劫指」、「拈花指」等，便是「伏魔掌法」、「九天九地方便鏟法」等器械功夫，也化在拳掌之中施展出來。兩人貼身近搏，只一頓飯時分，已拆鬥三百餘招。正鬥得急切，慕容博倏地躍出圈子，抱拳說道：「多承指點，蒙尊駕手下留情，在下受惠良多。」
那大漢道：「燕兄武技精妙，咱二人不分高下。燕兄既來少林寺盜經，當以少林派對頭，在下與少林派仇深似海，你我敵愾同仇，當為同道中人。」慕容博尚未答話，那大漢一轉身，遠遠的去了。
忽聽得一個謙和的聲音在背後響起：「施主請了，小僧有禮！」慕容博轉過身來，只見身後五尺外站著一個青年黃衣僧人，臉帶微笑，雙手合什為禮。慕容博抱拳為禮，說道：「大師呼喚在下，不知有何見教？」那僧人道：「小僧乃吐蕃國密教僧人，適才見施主與人對掌，武功精妙之極，小僧心生欽佩，冒昧上前攀談。」慕容博道：「大師，遠來不易，請移步舍下奉茶，俾得多所請教。」當下二人互通姓名。鳩摩智適才見了慕容博的拳掌之技，心下佩服，當即欣然前往。
兩人談起武功，鳩摩智有心向他學招，但想與他素無淵源，貿然求人傳以秘技絕招，對方必不允諾。唯一的法子是投桃報李，各得其利，便道：「慕容先生，小僧在吐蕃國密教寧瑪派出家，因與吐蕃國黑教邪徒鬥爭劇烈，從上師處學得『火燄刀』之技。『火燄刀』能以內力凝聚於手掌掌緣，運氣送出，威力非小。今日與先生言語投機，非敢炫示己能，僅為剖析武技，請先生莫怪。」說著提起手掌，凝聚內力，嗤的一聲輕響，在窗紙上凌空劈出一縫，冷風颼颼的從細縫中直吹進來。
慕容博道：「大師神功高妙，小可甚為佩服！」鳩摩智道：「小僧於『火燄刀』之技初學乍練，僅略窺門徑，然將來必可大成。今晚與先生邂逅相遇，實是有緣。佛家講究緣法，緣法到時，神通自現。小僧大膽，想將這『火燄刀』之法傳授於先生，不知先生嫌小僧太過冒昧麼？」慕容博尋思「我與他素昧平生，他竟願意主動傳功，其中必有深意，且看他到底打些甚麼主意。」
慕容博忙起身行禮。鳩摩智合什還禮，說道：「咱們不是師徒傳法，乃朋友間互相切磋，交換傳技。先生萬萬不可多禮。」當下詳述「火燄刀」的修練法訣，要慕容博用心記憶，不可筆錄，因密教傳法傳功，必須口耳相傳，不似顯教佛教有經典可資唸誦。
慕容博用心記憶，不覺天色已明。慕容博道：「大師這『火燄刀』神功，果然奇妙無方，以在下所知，或許只大理段氏的『一陽指』可資匹敵。但據聞『一陽指』運勁緩慢，遠不及『火燄刀』之動念即至。」鳩摩智道：「這該是運功之人功力有別。」慕容博道：「正是。傳言大理段氏尚有『六脈神劍』絕技，手上可發六種內力，交叉運使，更加神奇，欲求得其術，想是難上加難。」鳩摩智道：「大理段氏的絕頂高受，盡皆聚於天龍寺，欲得《六脈神劍劍譜》，非上天龍寺不可。小僧與天龍寺高僧同為釋氏弟子，當設法一求。如僥倖求得，自當與先生共之。」
慕容博心想：「《六脈神劍劍譜》如此難得，他如何願與我共享？何況他隨口一言，一來不會當真費心去求，二來學武之人，千辛萬苦的得到神功妙法，我無恩於他，他怎肯輕易贈我？他適才說道『交換傳技』，多半是要旨所在。」便即說道：「常言道得好：無功不受祿。大師今日傳我『火燄刀』功法，在下感激不盡。這些年來，在下潛入少林寺藏經閣，借鈔了七十二門絕技功法，現下手邊有三十餘冊鈔本。今日午後起，我二人共同再錄副本，副本盡數贈於大師。蘇州舍下尚有五十餘冊功法，在下即日返家鈔錄副本。待大師取得《六脈神劍劍譜》，便請光臨蘇州燕子塢參合莊，在下將那五十餘本絕技副本相贈，交換《六脈神劍劍譜》，大師以為如何？」
鳩摩智大喜，當下與慕容博三擊掌相約，言明別後各自努力，日交換武學典籍。鳩摩智言明：天龍寺諸高僧武功深湛，自己習練「火燄刀」未久，目前未能前往求觀《六脈神劍劍譜》，尚須精進修練，假以時日，倘能功力大成，自當履踐今日之約。慕容博取出手邊三十餘冊鈔本，當即與鳩摩智再鈔副本，數日後鈔完，贈了給鳩摩智。鳩摩智稱謝再三，自回吐蕃研習少林絕技，自知「火燄刀」功力尚淺，亦更下苦功，戮力修習。
年歲匆匆飛逝，這些年來，慕容博、慕容復父子二人博覽群籍，武功隨時日而長。一日慕容復進後堂來報，說道有一位少林老僧玄悲登門求見。慕容復應父親之命，出廳向玄悲言道爹爹不在家中，不露任何口風與跡象，慕容博在地窖中躭了數日，料得玄悲早已遠去，與妻子暗中商議後，決心詐死以絕後患。慕容博離家數月後，由妻子向兒子及眾家臣言明，老爺已在外逝世，接著籌辦喪事，棺殮、發訃、設靈、開弔、奠忌、入葬等事宜一一辦齊。
隱匿數年後，慕容博靜極思動，化身燕龍淵，在兩淮一帶營商出沒，自稱是「姑蘇慕容」氏部屬，傳出黑色燕字旗，以高明武功懾服歸順的江湖豪傑，廣擴勢力，卻不露絲毫風聲。慕容復年歲漸長，形貌俊美，學武有成，亦在江湖上闖出一番名頭，「南慕容」遂與「北喬峰」並稱中原武林兩大高手。
又過數年，慕容博得悉玄悲大師前赴大理，於是暗中跟隨，在陸涼州身戒寺中陡施襲擊，玄悲大師出乎不意，以少林絕技「大韋陀杵」迎擊。慕容博逕以家傳武技抵禦，不料玄悲武功淵深，「大韋陀杵」威力奇勁，遠出慕容博意料，他一時輕敵，登感不支，只得施出「斗轉星移」之技，將「大韋陀杵」還擊玄悲自身，玄悲登時中招斃命。
日後鳩摩智自大理天龍寺擒得段譽，來到慕容家侍婢阿碧所居的琴韻小築，言明要將活的《六脈神劍劍譜》焚燒於慕容博墓前，以換取約定的武學秘本。阿朱、阿碧稟告了慕容夫人，奉命對鳩摩智敷衍以應，並救了段譽脫險。豈知丐幫幫主喬峰身世之謎遭人揭露，慕容博心想，數十年前的舊帳重新翻起，大是可慮，要妻子約束兒子，千萬不可介入此事，以免惹禍上身。不料在少林大會商，慕容復還是與蕭峰動上了手。
新三版增寫的近10頁至此。金庸新三版改寫的方向之一，就是將二版寫得模糊不明之處，都加以增補詳實，然而，模糊不清留給讀書想像及議論的空間，但寫實了，卻又不免產生爭議。
這段加寫中，蕭遠山的部份即頗有值得討論之處，一是蕭遠山妻死雁門關，蕭遠山跳崖未死後，難道不須向其岳父稟告嗎？又蕭遠山以珊軍總教頭的身份，請假探親，突遭變故，又難道不須向賞識他的太后面陳來龍去脈嗎？如果蕭遠山已見過太后或岳父，他們會容許蕭遠山將兒子寄養在漢人家庭嗎？二是雁門關血戰，蕭遠山明明武功高於玄慈，他還須要去學失敗者的少林寺武功嗎？這就宛似黃藥師還會去學侯通海的功夫嗎？三是蕭遠山既偷得少林秘笈，為甚麼又不迅速快馬送回遼國，供遼軍習武之用，蕭遠山到底在等什麼？四是蕭遠山既早知殺害他妻子的仇人是玄慈帶頭的一干中原俠士，為何不即早報仇，卻曠日廢時地等仇人越來越老，蕭遠山是在等他們陽壽之盡嗎？凡此種種，皆有可議之處。
慕容博與蕭遠山之事暫告一段落，故事轉至「虛竹認親」的情節。
故事從虛竹制服丁春秋後，少林寺依律對虛竹責打「法戒棍」說起。
執法僧人捋起虛竹僧衣，露出他背上肌膚，忽聽得葉二娘叫道：「且慢，且慢！你……你背上是什麼？」
二版說眾人齊向虛竹背上瞧去，只見他腰背之間整整齊齊的燒著九點香疤。僧人受戒，香疤都是燒在頭頂，不料虛竹除了頭頂的香疤之外，背上也有香疤。
這段新三版有了大幅增寫，新三版說：眾人齊向虛竹背上瞧去，只見他腰背之間竟整整齊齊燒著九點香疤。其時僧尼受戒時頭燒香疤之俗尚未流行。中華佛教分為八宗十一派，另有小宗小派，各宗派習俗不同，有不少宗派崇尚苦行，弟子在頭上燒以香疤、或燒去指頭以示決心歸佛。少林寺僧眾並不規定頭燒香疤，但若燒以香疤，亦所不禁。
為了虛竹燒香疤是否合於當時佛寺體制的問題，金庸在回末寫了近四頁的長注，主要是為反駁「吉林一位物理學教授評論本小說，以為中國僧徒頭燒戒疤的戒律，始於元朝，北宋尚無此俗，因此葉二娘為其子虛竹背股上燒香疤不合歷史。」金庸的解釋是：少林僧人北宋時不燒香疤，但葉二娘說：「老娘又不是少林寺和尚，老娘愛燒俺生的兒子屁股，你外人管得著麼？」
「長注」的文末，金庸反幽了「物理學教授」一默，道：「即使作科學家，也當思想開放活潑，方有創造發明貢獻，否則僅為傳授知識之教師而已。科學教師也當受尊重，但層次稍低，非特有創造之大科學家也。任何學問均是如此。」
葉二娘而後自道是虛竹的娘，生他不久，便在他背上、兩邊屁股上，都燒上了九個戒點香疤。虛竹遂不再避讓，任由她抱在懷時。
二版說虛竹自幼無爹無娘，只知是寺中僧侶所收養的一個孤兒，他背心雙股燒有香疤，這隱秘只有自己一個知道，葉二娘居然也能知悉，哪裡還有假的？
但虛竹在少林寺有這般位高權重嗎？他在少林寺中難道有個人衛浴，不須與其他僧侶一齊沐浴？
新三版將二版「他背心雙股燒有香疤，這隱秘只有自己一個知道」改為「他背心雙股燒有香疤，這隱秘只自己及最親近的同侶得知」。
知道葉二娘是虛竹的親娘後，二版南海鱷神說道：「三妹！你老是去偷人家白白胖胖的娃兒來玩，玩夠了便捏死了他，原來是為了自己兒子給人家偷去了啦。」
新三版降低的葉二娘的血腥味，改為南海鱷神說道：「三妹！你老是去偷人家白白胖胖的娃兒來玩，玩夠了便胡亂送給另一家人家，教他親生父母難以找回，原來為了自己兒子給人家偷去啦。」
虛竹認親後，故事再接回蕭遠山對玄慈「大算總帳」的一段。
蕭遠山對蕭峰道：「那日雁門關外，中原豪傑不問情由，便殺了你不會武功的媽媽。孩兒，你說此仇該不該報！」
蕭峰道：「父母之仇，不共戴天，焉可不報？」
二版蕭遠山道：「當日害你母親之人，大半已為我當場擊斃。智光和尚以及那個自稱『趙錢孫』的傢伙，已為孩兒所殺。丐幫前任幫主汪劍通染病身故，總算便宜了他。只是那個領頭的『大惡人』，迄今兀自健在。孩兒，你說咱們拿他怎麼辦？」
但智光及趙錢孫確然不是蕭峰所殺，蕭遠山怎會當眾將殺人之罪編派給兒子呢？
新三版刪為蕭遠山道：「當日害你母親之人，大半已為我當場擊斃。丐幫前任幫主汪劍通染病身故，總算便宜了他。只是那個領頭的『大惡人』，迄今兀自健在。孩兒，你說咱們拿他怎麼辦？」
二版蕭峰急道：「此人是誰？」
蕭遠山一聲長嘯，喝道：「此人是誰？」目光如電，在群豪臉上一一掃射而過。
新三版則因在第四十一回，玄慈方丈即已對蕭峰自承是「帶頭大哥」。因此新三版蕭峰聞蕭遠山之言，改為道：「此人乃為人謠言所愚，非出本意，今已懺悔。且爹爹今日安健，孩兒以為，此人的仇怨就此一筆勾銷罷！」
蕭遠山一聲長嘯，喝道：「如何能就此一筆勾銷！」目光如電，在群豪臉上一一掃射而過。
二版蕭峰續道：「爹爹，這大惡人當年殺我媽媽，還可說是事出誤會，雖然魯莽，尚非故意為惡。可是他卻去殺了我義父義母喬氏夫婦，令孩兒大蒙惡名，那卻是大大不該了。到底此人是誰，請爹爹指出來。」
新三版蕭峰既知帶頭大哥是玄慈，玄慈自不可能殺了喬氏夫婦。因此蕭峰的話改為：「爹爹，那帶頭大哥當年殺我媽媽，乃事出誤會，雖然魯莽，尚非故意為惡。可是另有一個大惡人，殺了我義父義母喬氏夫婦，令孩兒大蒙惡名。到底此人是誰，請爹爹指出來。」
令蕭峰吃驚的是，蕭遠山道：「孩兒，那喬氏夫婦，是我殺的！」
蕭遠山自承殺了喬三槐夫婦後，二版蕭峰再問：「然則放火焚燒單家莊、殺死譚公、譚婆等等，也都是……」但譚公是當著蕭峰的面自殺的，蕭峰怎能不知？新三版將「殺死譚公、譚婆」改為「殺死譚婆、趙錢孫」。
二版蕭遠山答蕭峰：「不錯！都是你爹爹幹的。當年帶頭在雁門關外殺你媽媽的是誰，這些人明明知道，卻不肯說，個個袒護於他，豈非該死？」
新三版則將蕭遠山的話加寫為：「不錯！都是你爹爹幹的。智光大師雖已身死，我仍在他太陽穴上指擊洩憤。當年帶頭在雁門關外殺你媽媽的是誰，這些人明明知道，卻不肯說，個個袒護於他，豈非該死？」
聽聞蕭遠山的話，二版少林群僧各人均想：「過去的確是錯怪了蕭峰。但他父子同體，是老子作的惡，怪在兒子頭上，也沒什麼不該。」
新三版刪去了這段少林僧的想法，若少林僧真的在誣賴他人後，不只沒有歉意，而且只要找到合理的藉口，就趁機為自己開脫，那還像什麼修行人？
正當蕭遠山要揭破「帶頭大哥」的真實身份時，見到葉二娘扶著虛竹，正一步步走遠，當即喝住。二版蕭遠山說道：「跟你生下這孩子是誰，你若不說，我可要說出來了。我在少林寺中隱伏三十年，甚麼事能逃得過我的眼去？你們在紫雲洞中相會，他叫喬婆婆來給你接生，種種事情，要我一五一十的當眾說出來麼？」
新三版則配合新改寫，將二版「我在少林寺中隱伏三十年，甚麼事能逃得過我的眼去？」改為「我在少林寺旁隱伏多年，每晚入寺，甚麼事能逃得過我的眼去？」
事已至此，玄慈即將虛竹呼喚至面前，輕輕撫摸他的頭頂，臉上充溫柔慈愛，說道：「你在寺中二十四年，我竟始終不知你便是我的兒子！」
而後，二版玄慈向蕭遠山釋愆，道：「蕭老施主，雁門關外一役，老衲鑄成大錯。眾家兄弟為老衲包涵此事，又一一送命。老衲今日再死，實在已經晚了。」
新三版為配合第四十一回玄慈向蕭峰自承是「帶頭大哥」，改為玄慈道：「蕭老施主，雁門關外一役，老衲鑄成大錯。眾家兄弟為老衲包涵此事，又一一送命。老衲曾束手坦胸，自行就死，想讓令郎殺了我為母親報仇，但令郎心地仁善，不殺老衲，讓老衲活到今日。老衲今日再死，實在已經晚了。」
玄慈忽然提高聲音，說道：「慕容博慕容老施主，當日你假傳音訊，說道契丹武士要大舉來少林寺奪取武學典籍，以致釀成種種大錯，你可也曾絲豪內咎於內嗎？」原來慕容博即是樹下靜坐的灰衣僧。
見到慕容博，慕容復驚喜交集，叫道：「爹爹，你……你沒有……沒有死？」二版說慕容復隨即心頭湧起無數疑竇：那日父親逝世，自己不止一次試過他心停氣絕，親手入殮安葬，怎麼又能復活？那自然他是以神功閉氣假死。但為什麼要裝假死？為什麼連親生兒子也要瞞過？
新三版關於慕容博之死，已改為「慕容博與妻子暗中商議後，決心詐死以絕後患。慕容博離家數月後，由妻子向兒子及眾家臣言明，老爺已在外逝世。」因此慕容復自也無從見到慕容博遺體，更不用說「慕容復不止一次試過他心停氣絕，方才親手入殮安葬」這般荒旦無稽，大有辱慕容復能力之事了。
新三版這段改為慕容復隨即心頭湧起無數疑竇：爹丟為什麼要裝假死？為什麼連親生兒子也要瞞過？
玄慈對當年誤信慕容博所傳假訊，悔恨交加。
二版慕容復心道：「爹爹假傳訊息，是要挑起宋遼武人的大鬥，我大燕便可從中取利。」
但宋遼幾個武人互鬥，大燕國取甚麼利？邊關打草穀不是常常發生嗎？宋遼零星戰役，並不足奇，也驚動不了朝廷。
新三版改為慕容復心道：「爹爹假傳訊息，是要挑起宋遼武人的大鬥，以致宋遼兩國間的大戰，我大燕便可從中取利。」新三版才寫實了慕容博的真意。
至於慕容博假死，為何須瞞過慕容復呢？二版慕容復心道：「其時我年歲尚幼，倘若得知爹爹乃是假死，難免露出馬腳，因此索性連我也瞞過了。」
新三版則配合前段大增寫，改為：「想來爹爹怕我年輕氣盛，難免露出馬腳，索性連我也瞞過了。除了媽媽之外，恐怕連鄧大哥他們也均不知。」
新三版此處就產生了矛盾。既然慕容復已成年，為甚麼不得與聞慕容博的陰謀與計畫？照新三版所寫，慕容博假死瞞過慕容復，竟導致慕容家父子分家的怪現狀，也就是說，慕容博自行練他的武功，卻無法調教他的兒子慕容復。慕容博不顧慕容復是否在武功上能有進展，而是只顧自己的進步，豈不怪哉？此外，慕容家所發黑色令字旗，慕容博發慕容博的，慕容復發慕容復的，若真有復國之機，慕容博收服的江湖好手，能信服慕容復嗎？這還是有大疑問存在。
慕容博現身後，二版玄慈為假傳訊息之事，問慕容博道：「我玄悲師弟曾奉我之命，到姑蘇來向你請問此事，想來他言語之中得罪了你。他又在貴府見到了若干蛛絲馬跡，猜到了你造反的意圖，因此你要殺他滅口。卻為什麼你隱忍多年，直至他前赴大理，這才下手？嗯，你想挑起在理段和少林派的紛爭，料想你向我玄悲師弟偷襲之時，使的是段氏一陽指，只是你一陽指所學不精，奈何不了他，終於還是用慕容氏『以彼之道，還施彼身』的家傳本領，害死了我玄悲師弟。」
慕容博嘿嘿一笑，身子微側，一拳打向身旁大樹，喀喇喇兩聲，樹上兩根粗大的樹枝落了下來。他打的是樹幹，竟將距他拳處丈許的兩根樹枝震落，實是神功非凡。
少林寺中十餘名老僧齊聲叫道：「韋陀杵！」聲音中充滿了驚駭之意。
玄慈點頭道：「你在敝寺這許多年，居然將少林七十二絕技之一的「韋陀杵』神功也練成了。但河南伏牛派那招『天靈千裂』，以你的身份武功，想來還不屑花功夫去練。你殺柯百歲柯施主，使的才真正是家傳功夫，卻不知又為了甚麼？」
新三版因已有新說明，這段大幅刪改，改為玄慈道：「我玄悲師弟曾奉我之命，到姑蘇來向你請問此事，想來他言語之中得罪了你。他又在貴府見到了若干蛛絲馬跡，猜到了你造反的意圖，因此你要殺他滅口。」慕容博嘿嘿一笑，並不答話。
玄慈續道：「但你殺柯百歲柯施主，卻不知又為了甚麼？」
慕容博要玄慈自己猜，二版玄慈道：「那柯施主家財豪富，行事向來小心謹慎。嗯，你招兵買馬，積財貯糧，看中了柯施主的家產，想將他收為己用，柯施主不允，說不定還想稟報官府。」
新三版則加入了新創意「黑色燕字旗」，改為玄慈道：「那柯施主家財豪富，行事向來小心謹慎。嗯，你招兵買馬，積財貯糧，看中了柯施主的家產，想將他收為己用，要他接奉慕容家的『燕』字令旗。柯施主不允，說不定還想稟報官府。」
說完柯百歲之事，二版玄慈接著問：「以蕭峰蕭施主的為人，丐幫馬大元副幫主、馬夫人、白世鏡長老三位，料想不會是他殺害的，不知是慕容老施主呢，還是蕭老施主下的手？」
蕭遠山道：「馬大元是他妻子和白世鏡合謀所害死，白世鏡是我殺的。其間過節，大理段王爺親眼目睹、親耳所聞，方丈欲知詳情，待會請問段王爺便是。」
新三版改為玄慈問：「丐幫馬大元副幫主、馬夫人、徐沖霄長老、白世鏡長老四位，不知是慕容老施主殺的呢，還是蕭老施主下的手？」
蕭峰道：「馬大元是他妻子和白世鏡合謀所害死，徐長老也是他二人合謀害死，白世鏡是丐幫自己人清理門戶所殺，馬夫人也在丐幫清理門戶時去世。其間過節，大理段王爺與丐幫諸長老親眼目睹、親耳所聞。方丈欲知詳情，待會請問段王爺和丐幫眾位長老便是。」
新三版重新描述的整齣連環血案過程，在此做了個結論。
而後，蕭峰踏上兩步，指著慕容博喝道：「慕容老賊，你這罪魁禍首，上來領死吧！」
新三版則降低了蕭峰的仇恨戾氣，改為蕭遠山踏上兩步，指著慕容博喝道：「慕容老賊，你這罪魁禍首，當年我和你三次對掌，深悔不知你本來面目，沒下重手殺你。上來領死吧！」
而後，蕭遠山父子與慕容博父子便追擊而奔入少林寺，故事再接回玄慈受二百法杖以懲所犯「淫戒」之事。
受到一百二十杖時，玄慈支持不住，撐在地下的雙手一軟，臉孔觸到塵土。二版葉二娘哭叫：「此事須怪不得方丈，都是我不好！是我受人之欺，故意去引誘方丈。這……這……餘下的棍子，由我來受吧！」
二版的葉二娘是用計叫玄慈破了淫戒，說來與阿紫或天山童姥讓虛竹胡里胡塗便墮入她們所設之計中一樣。由此可知青年玄慈的單純而無機心。
新三版改為葉二娘道：「此事須怪不得方丈，都是我不好！是我爹爹生了重病，方丈大師前來為他醫治，救了我爹爹的命。我對方丈既感激，又仰慕，貧家女子無以為報，便以身子相許。那全是我年輕胡塗，無知無識，不知道不該，是我的罪過。這……這……餘下的棍子，由我來受吧！」
新三版的玄慈簡直人格不堪，他難道是《連城》血刀老祖一流的淫僧嗎？為貧人施救，對方無錢銀回報，便以女兒身子相代，玄慈竟也同意。枉費玄慈還是少林方丈，竟然能接受「性交易」來代替「銀子」的做法！
受完刑杖後，新三版較二版加寫，玄慈掙扎著站起身來，說道：「玄慈違犯佛門大戒，不能再為少林寺方丈，自今日起，方丈之職傳於本寺戒律院首座玄寂。」玄寂上前躬身合什，流淚說道：「領法旨」。
新三版的玄慈自盡前，已為少林寺傳下繼位方丈人選之法旨。以玄慈對少林寺的責任心而論，新三版確是勝於二版。
玄慈旋即自盡，「帶頭大哥」玄慈的恩怨也隨其往生全部告一段落。
《倚天》與《天龍》的新三版，金庸都在努力針對一、二版結構中的大破綻進行彌補。《倚天》整體結構上的最大錯亂，就是張無忌身為明教教主，若驅趕蒙元成功，理當入主龍廷。新三版為此大加補寫，既新創了明教「聖火令三大令五小令」約束張無忌不得稱帝，再增寫朱元璋逼宮，要張無忌於明教兄弟與蒙古郡主趙敏二者擇一而取，張無忌因此自願交出教主之位。
為了彌補結構上的疏失，新三版金庸在扼止張無忌稱帝上絞盡了腦汁。
《天龍》最大的結構破綻，則是姑蘇慕容既要興復燕國，又要稱霸武林，兩條路線完全不同，導致姑蘇慕容的行事做為，一忽兒在吸納復國之力，一忽兒又挑戰群雄，為稱霸江湖鋪路，兩路逕庭，使得姑蘇慕容個個像精神分裂。
對於兩條顯然互相抵觸的家族奮鬥路線，一版慕容家內部曾起衝突，王玉燕的母親是慕容博的姊妹，她認為慕容家應在武功上鑽研，成為傲視天下的「慕容宗」，慕容博則主張承繼先人遺志，興復大燕國。二版因王語嫣母親已改為是李秋水的女兒，慕容家的內部爭議自也無從與聞了。
二版改為新三版時，金庸不只無意淡化慕容家的內部矛盾，更強化了這雙軌並馳的慕容家衝突路線。新三版的慕容博，金庸既加寫他以「黑色燕字旗」廣納綠林人物以為復國助力；一方面又細寫他一再入少林肆盜取秘笈。倘若一朝東窗事發，慕容博勢必成為武林公敵。看來慕容博最擅長的，不當是「斗轉星移」，而當是自己打自己的「雙手互搏」，而慕容家的結局，雖是以慕容復精神分裂告終，但在慕容復發瘋前，慕容家族根本在本質上，早已代代精神分裂了。
【王二指閒話】
金庸初創作小說時，所用的發表模式是「報紙連載」，從《新晚報》、《香港商報》到《明報》，金庸一部接著一部發表自己的武俠小說。
「報紙連載」與「書籍」是截然不同的發表方式，讀者閱書本時，可以挑燈夜戰，不眠不休，一氣呵成地看完五大冊的《天龍八部》，但於報紙連載時期，《天龍八部》卻自1963年連載至1967年，不管讀者性急與否，一天都只能在《明報》上閱讀得金庸最新創作的一個小方塊。
因為創作模式與閱讀方式都不同，「報紙連載」竟也與「書籍」產生完全不同的閱讀需求，書本的讀者要求的是整部書的連貫好看，但報紙是「隨看隨丟」的出版品，因此讀者閱讀時，也講求「只求今日的精彩好看，而非五年連載故事的一氣呵成」。
回應讀者的需求，金庸在報紙連載時，所用的創作手法之一，就是當代的書本讀者絕難想像的「以今日的新創意強壓已經發表的舊創意」，只要有更好的新想法出現，金庸完全不考慮先前已經發表的故事為何，或者只用牽強的理由強加解釋，就將新創意強套到舊故事上面去了。
這種創作模式，造成一版金庸小說中，前後扞格，互相矛盾，故事不連貫的狀況多處可見。因此在一版金庸作品中，情節前後不一的狀況並非特例，而幾乎就是常態，但一版的報紙連載讀者因為「只求一日之好看」，顯然並未對這前後矛盾的創作模式大加抗議。
這些前後矛盾而混亂的狀況包括：
一、血緣關係的矛盾：在《天龍》第二回的一版中，段譽的生父是大理皇帝段正明，因此段譽對鍾夫人告知鍾靈陷身神農幫後，鍾夫人即將鍾靈生辰託段譽交給段正明，但故事繼續前進，段譽又變成了段正淳的兒子。
二、人物性格的矛盾：在《射鵰》第三回一版中，金庸形容剛出場郭靖的形容詞是「筋骨強壯、聰明伶俐」，但故事繼續開展，郭靖馬上又成了學功遠不如拖雷的笨拙孩子，那句「聰明伶俐」彷如印刷錯誤一般；此外，《倚天》第八回一版中，張無忌曾出言：「義父，害你全家之人叫混元霹靂手成崑，無忌記在心中，將來一定代你報仇，也將他全家殺死，殺得一個不留。」足見張無忌是工於心計而暴戾殘忍的小孩，但情節發展到張無忌成長後上光明頂，又搖身一變，成了寬和仁慈的濫好人。
三、男女愛情的矛盾：《天龍》第十一回一版中，阿碧取笑假扮慕容老太太的阿朱：「老太太何嘗不是記掛著公子爺？」可知此時的阿朱愛慕慕容復，但故事一轉，阿朱馬上又被安排成與喬峰配成雙，阿朱對慕容復的戀情完全沒了下聞；此外，《天龍》第三十一回一版中，葉二娘一見丁春秋就叫「春秋哥哥」，還說：「春秋哥哥啊，我找得你好苦，你終於也來中原了，一定是為了我而來，我好歡喜！」但到了第四十二回，葉二娘又成了忠於玄慈的節烈女子，與丁春秋的戀情不了了之。
四、俠士武功的矛盾：《天龍》第十二回一版中，王夫人曾對王玉燕說慕容復「身上的功夫連你也及不上」，但王玉燕又隨著故事衍進成了武功平平之人；此外，一版《射鵰》中，大理段家的武功原本是「先天功」，「一陽指」則是與王重陽交換而得，但走筆到一版《天龍》時，為了配合段譽學得「六脈神劍」，大理段家的武功又變成了「一陽指」。
因為有這些前後混亂的狀況，金庸一版書結集成二版，將報紙連載統整為書本時，若不經過修訂，使得前後統一，故事連貫，金庸小說實在很難登於大雅之境。幸而金庸肯下苦心，十年修訂，化報紙連載為書本故事，並在書本流通數十年後，再一次針對故事中仍不圓融之處，再次修訂。兩度大規模修訂，方將報紙連載所造成的種種疏漏，盡可能補齊修全。
第四十二回還有一些修改：
1. 段譽以「六脈神劍」力戰慕容復時，二版說慕容復手中長劍為段譽的無形氣劍所斷，化為寸許的二三十截。二版的寫法段譽武功未免太高，他是怎麼瞬間射出二三十道無形劍氣的呢？新三版改為慕容復手中長劍與段譽的無形劍氣正面相撞，斷為兩截，半截劍身飛向半空。而接續此說，二版說慕容復將二三十斷劍化作暗器，以滿天花雨手法向段譽激射過來。新三版改為慕容復將半截斷劍當作暗器，向段譽激射過來。
2. 段譽以「六脈神劍」戰慕容復，二版說段譽百餘招拆將下來，畏懼之心漸去。新三版增說為段譽百餘招拆將下來，畏懼之心稍戢，慢慢領會了內息脈絡。
3. 說到游坦之之事，二版說游坦之所以得任丐幫幫主，全仗著過人的武功，見識氣度，卻均不足以服眾。新三版在「見識氣度」之下，加上「指揮行事」。
4. 慕容復判官筆射段譽，蕭峰出掌將判官筆擊彎，二版用的是一招「見龍在田」，新司版改為「利涉大川」。而後慕容復持單筆與蕭峰擊來之筆相交，不等那變曲了的判官筆落地，左手一抄，已然抓住，二版說慕容復使將開來，竟然是單鉤的鉤法。新三版改為慕容復便即使出崆峒派的單鉤鉤法。
5. 蕭峰見段譽使「六脈神劍」，當下憶起阿朱，二版蕭峰又想「三弟劍法如此神奇，我若和慕容復易地而處，確也難以抵敵。」新三版增為蕭峰心想「三弟初學乍練，劍法已如此神奇，我若和慕容復易地而處，確也難敵。」
6. 段譽使「六脈神劍」戰慕容復，新三版較二版加寫了一段，說段延慶和鳩摩智二人見段譽所使「六脈神劍」神妙無比，雖知他所學未精，但只須有高人指點，稍加習練，便可成為天下第一高手，忍不住都長嘆一聲。鳩摩智的嘆息聲中盡是熱中豔羨，段延慶發自腹中的這聲輕嘆卻充滿了淒涼神傷。
7. 段譽接戰慕容復，二版說群雄眼見慕容復被段譽逼得窘迫已極，有人便想上前相助。但慕容復老是想以「以彼之道，還施彼身」技壓江湖，他在武林中真有捨身相救的知交嗎？新三版改為鄧百川等見慕容復給段譽逼得窘迫已極，便想上前相助。新三版說得很實際，關心慕容復生死的，只有他的家臣與女伴。
8. 段譽戰慕容復時，二版說段譽心不旁鶩，凝神使動商陽劍法，看著向慕容復進逼。新三版再加說，段譽想到王語嫣一言一動，盡在迴護慕容復，心中氣苦已極，六脈神劍既已使動，內力持續激出，劍勢不衰。新三版找到機會就增添王語嫣令人可厭之處，以為段譽最後拋棄王語嫣做準備。
9. 段譽持續射出「六脈神劍」，二版說慕容復這時已全然看不清無形劍氣的來路，唯有將一筆一鉤使得風雨不透，護住全身。新三版再加說慕容復「時時縮在大槐樹之後躲避劍氣。」新三版是要強化慕容復不如段譽之感。
10. 因王語嫣求情，段譽遂不再攻擊慕容復，慕容復深感恥辱，乃以鋼鉤揮向段譽面門。二版說慕容復左手鋼鉤疾鉤他後腦，這一招「大海撈針」，乃是北海拓跋氏「漁叟鉤法」中的一招厲害招數，系從深海鉤魚的鉤法之中變化而來，的是既準且狠。新三版不再強調慕容復的鋼鉤之技了，刪減為慕容復左手鋼鉤使招「大海撈針」，疾鉤他後腦。
11. 蕭峰將慕容復擲出時，因內力直透諸處經脈，慕容復無法在這瞬息之間解除手足的麻痺，二版說慕容復砰的一聲，背脊著地，只摔得狼狽不堪。新三版為加強慕容復的狼狽感，增寫為慕容復砰的一聲，背脊著地，手足攤開，只摔得狼狽不堪。新三版接著再加寫，旁觀群雄竊竊私語，嘩聲連連。
12. 慕容博彈開慕容復自盡的長劍，又斥責慕容復幾讓大燕國斷種絕後，二版說慕容復又是慚愧，又是感激。新三版加寫為慕容復得灰衣僧救了性命，又慚愧，又感激，但他只道父親已死，並不知這灰衣僧就是自己爹爹。
13. 虛竹對丁春秋種「生死符」時，二版說山後轉出九個人來，正是「函谷八友」。但「函谷八友」哪來九人，原來一版中是「函谷八友」加上阿碧，二版不小心而照一版排版了，新三版已更正為山後轉出八個人來。
14. 丁春秋以毒酒化成毒水灑出，菊劍站得較近，身沾毒雨，當即倒地。新三版而後較二版加寫，說段譽站在一旁，只見王語嫣戀戀不捨的拉住慕容復衣袖，好生沒趣，驀見菊劍身沾毒酒摔倒，知道菊劍是二哥的下屬，當即搶上，橫抱菊劍退開。
15. 星宿派門人頌讚星宿老仙之言，二版的「星宿老仙大袖擺動，口吐真言，叫你們旁門左道牛鬼蛇神，一個個死無葬身之地。」新三版將「星宿老仙」改為「星宿少俠」。
16. 虛竹對丁春秋種生死符後，二版說丁春秋七處穴道中同時麻癢難當，直如千千萬萬隻螞蟻同時在咬嚙一般。新三版將「螞蟻」改為咬人更痛更癢的「虱子」。
17. 包不同諷刺玄慈，說少林寺乃專養私生子的善地，而後虛竹受完刑障，二版玄慈接著道：：「玄慈犯了淫戒，與虛竹同罪。身為方丈，罪刑加倍。執法僧重重責打玄慈二百棍。少林寺清譽攸關，不得循私舞弊。」新三版遂增寫為：「玄慈犯了淫戒，與虛竹同罪。身為方丈，罪刑加倍。剛才包施主即便不說，少林寺戒律也絕不輕饒。執法僧，重重責打玄慈二百棍。少林寺清譽攸關，不得循私舞弊。」
18. 玄慈受刑時，二版道清大師為玄慈求情，道：「貧僧冒昧，且說個情，現下已打了八十杖，餘下之數，暫且記下。」新三版在道清的話最後加上「日後一併責打，不違貴寺戒律。」兩句。
19. 葉二娘繼玄慈之後自盡，二版南海鱷神道：「二姊，你人也死了，岳老三不跟你爭這排名啦，你算老二便了。」新三版再增寫，南海鱷神走過來向葉二娘的遺體叩頭，這點符合新三版的「禮貌原則」。
20. 慕容復將二三十斷劍化作暗器，以滿天花雨手法向段譽激射過來。一版說要知段譽不會最基本的武功，即使對方只射來一枚暗器，也不知如何閃躲，眼見二三十枚斷劍同時射到，更是手足無措，慌作一團，六脈神劍的功夫雖然厲害，他卻只會襲人一處，不會抵擋雨叢般的暗器。這段說法二版當「冗解釋」，刪了。
21. 段譽接戰慕容復，蕭峰獨鬥游坦之，每一次雙掌相接，都不禁機伶伶的打個冷戰，感到寒氣襲體，說不出的難受。一版說蕭峰內力雄渾無比，運氣一轉，便將寒毒消解，但如此鬥將下去，掌法上雖佔便宜，終須分力化解他的寒毒，又怕寒毒積累一多，自己畢竟挨受不起。一版這段明顯在內力上大長游坦之威風而貶低了蕭峰，二版刪了。
22. 蕭峰一腿掃向游坦之，一版說游坦之拳腳上的功夫全是學自阿紫，即使丁春秋親自接戰，也遠遠不及蕭峰天下無雙的拳技腳法，何況是自阿紫處學來的一些平庸功夫？但蕭峰與星宿派掌門人丁春秋真的有一版說的差距這麼大嗎？二版改為拳腳上功夫全是學自阿紫，那是稀鬆平常之極。總而言之，不管一版還是二版，金庸就是要接上游坦之「兩隻小腿脛骨同時折斷」這般結果。
23. 慕容復以判官筆射向段譽，蕭峰一招「見龍在田」，從旁拍擊過去，判官筆為掌風所激，筆腰竟爾彎曲，從段譽腦後繞了個彎，向慕容復射了回去。一版說，這一下連蕭峰自己也是大出意料之外，他本來只想以掌力將判官筆拍飛，以解那段譽的困厄，沒想上近年來掌力在不知不覺中已大有進境，一拍之力，居然能將一根純鋼的判官筆擊彎，恰巧又轉而射向對方。這是無意中的巧合，旁觀群雄卻瞧得目瞪口呆，無不駭然，都道他這一筆既含猛勁，又蓄巧力，實是匪夷所思。二版將這段全刪，想來一是蕭峰連自己的實力也不自知，太傷蕭大俠的英明，二是蕭峰拍掌後，判官筆射向慕容復，竟然能稱「巧合」，這又太傷蕭大俠的高強的武名。
24. 余婆向玄慈瞌頭，一版說玄慈用上了八分內力，本想將余婆托了起來，那余婆身上只是微微一震，竟沒給他這一拂托起。一版的說法，玄慈用八分力都托不起余婆，余婆的功力當是高於玄慈。二版將「八分內力」改為「五分內力」，以免損及玄慈的武功層次。
25. 慕容復以判官筆刺向段譽，一版說譽在危急之間向左一側，判官筆的筆尖沒能正中胸膛，卻已深入右肩，自前至後，直透而過。但若如一版所說，段譽可不是張無忌，練過《九陽真經》，他能瞬間又恢復戰力麼？二版改為段譽在危急之間向左一側，避過胸膛要害，判官筆卻已深入右肩。二版削弱了段譽的傷勢。
26. 慕容復為蕭峰所敗，欲持劍自殺時，一版說只聽得破空之聲大作，一件暗器從二十餘丈外飛來，橫過山頂的廣場，撞向慕容復手中長劍。但「二十餘丈」的話，慕容博的功力看來是遠高於黃藥師的「彈指神通」了。二版則將「二十餘丈」縮為「十餘丈」。
27. 蕭峰見到蕭遠山所扮黑衣僧，極是喜歡。一版說蕭峰的眼光何等銳利，一個人的聲音相貌或許過後難再記憶，但身法武功，只要一入他的眼睛，那便終身不忘，何況那黑衣大漢救他入川，曾和他拆解數十招之多。二版將此段刪了。
28. 灰衣僧與黑衣僧見面後，一版的對答是，白衣僧道：「我藏身少林寺中，為了探查一件事的真相。」黑衣僧道：「我藏身少林寺中，也是為了探查一件事的真相。我要查的事情，已經探明了，你的事呢？」一版蕭遠山要探的事，就是雁門關血案的來龍去脈，但慕容博是操弄兩造鬥爭的小人，他要查什麼？二版改為灰衣僧道：「我藏身少林寺中，為了找尋一些東西。」黑衣僧道：「我藏身少林寺中，也為了找尋一些東西。我要找的東西，已經找到了，你要找的，想來也已找到。否則的話，咱們三場較量，該當分出了高下。」二版的兩人都是為了竊書而來。
29. 一版函谷八友來臨時，帶著康廣陵的徒兒阿碧。二版至此均未寫阿碧是康廣陵徒兒之事，阿碧也沒隨函谷八友上少林。
30. 菊劍持酒射向虛竹，丁春秋卻將酒水加毒反射虛竹。一版說菊劍站得較近，阿碧正要奔到慕容復身前拜見，身沾毒雨，當即倒地。二版因沒了阿碧，自也無阿碧中毒之事，改為菊劍站得較近，身沾毒雨，當即倒地。
31. 虛竹對丁春秋種生死符後，一版解釋說，這生死符既是外來的一種內勁，中符者倘若不會武功，受害者極輕，越是內功高強，強加抵禦，則受到的感應越是厲害。二版刪掉了這邏輯欠通的一段解釋。
32. 玄慈決意仗責虛竹，執行少林寺戒律，一版星宿派門人大叫：「我家靈鷲宮主人乃武林盟主，爾等少林僧眾豈可冒犯他老人家貴體？」二版刪去了「武林盟主」之稱，改為星宿派門人只道：「爾等少林僧眾，豈可冒犯他老人家貴體？」
33. 葉二娘知虛竹是親生愛子後，接連向虛竹抱了幾次，都給虛竹輕輕巧巧的閃開。一版說要知葉二娘自被游坦之一掌擊的暈死過去，醒轉之後，功力已然大不如前，原本最擅勝場的輕身功夫，更是及不上從前的一半。二版既刪去了游坦之擊傷葉二娘之事，也刪去了葉二娘最擅輕功之說，這段二版自是全刪了。
34. 與蕭遠山相認後，一版蕭峰取出的石壁遺文拓片，是一張摺疊好的黃紙。但黃紙怎能經得起蕭峰行走江湖中的汗濕雨淋呢？二版改為是一張縫綴而成的大白布。
35. 玄慈當眾指出當年假傳訊息，導致宋遼武人之戰的元兇是慕容博後。一版說蕭遠山三十餘年的怨毒，蓄積已深，對玄慈仇無可解，蕭峰對玄慈的遭遇，卻不禁起了憐憫之心。二版刪去了這段兩人的心理描寫。