在身分制裏，雖然信長當時已經是「尾張」、「美濃」兩國的國主，但其實原本織田家的家格可是國主代理人的臣子。提拔起來當副將軍，可不是什麼三級跳，而是火箭昇空級的大躍進了。但是，信長仍然拒絕。在這個時期，信長可能看起來還像是個知本分的大忠臣。但是，後來發生了義昭開始懷疑信長的決定性事件。
義昭的大哥十一代將軍義輝，是被三好家和松永久秀連合殺掉的。上京之後的信長把三好家打回四國地區，但是卻接受了松永久秀的投降。對義昭來說，這等於像是原諒「殺兄仇人」地無法接受。而且，久秀殺的是前任將軍，如果信長真是要恢復幕府權威秩序，那麼把久秀宰了殺雞儆猴，當然是絕對必要的。
但是，信長不但沒有如此，還利用久秀來收拾京都附近其他的反抗勢力。當然，可能信長也曾向義昭說明久秀只是用來短暫利用的工具。但是，義昭漸漸發現，被利用的不只是久秀，也包括了自己。於是，義昭開始計劃反信長的行動。
義昭的行動成果，就是有名的「信長包圍網」。
在完成了上京的「天下布武」階段性任務之後，信長開始以京都為中心準備擴張控制區域。第一個被選為目標的，就是位於越前的朝倉家。攻略越前的理由除了距離近的地理因素之外，最大的原因還是因為信長以將軍名義號召附近的大名上京，但朝倉家卻悍然拒絕。說起來，其實義昭逃離京都之際，最初到的就是朝倉家。但是朝倉家卻放過了這個可以統一天下的機會。所以，朝倉家拒絕信長的命令，除了政治上的因素以外，還是「織田家原本不過是個暴發戶，誰聽你的？」和「要不是當時我們放棄了義昭，那輪得到你信長當家？」這兩種「見笑返生氣」的心態。
當然，信長馬上發兵征討「不聽將軍之令」的朝倉家。大軍借道信長妹婿淺田長政所領的近江，迅雷不及掩耳地攻進朝倉家領。措手不及的朝倉家，被信長大軍打得個大敗。
但這時候，卻發生了不可置信的事件。
信長全面信任的妹婿淺井長政，竟然背叛了信長。淺井家的軍勢，由後夾擊織田軍，而讓信長成了被前後夾擊的袋中鼠。原本勢如破竹的織田軍，在雙面受敵的情形下也無力回天，信長只好帶著少數側近，隻身逃回了京內。
身為信長妹婿兼同盟的淺井長政，為什麼會背叛信長？
眾說紛云。但最多的說法一是因為信長攻打的朝倉家和淺井家處為同盟關係，另一說法則是因為義昭運用將軍的權威鼓動了長政造反。的確，由當時的人們看來，形式上將軍仍是武士們的共主。雖然已經沒有了任何軍事力，但是在其形式上的權威，仍是有其影響力。比方說，在消滅信長之後給淺井家幕府的高位之類的利誘等。且當時信長所處的位置，的確如果長政離反給信長致命一擊，信長就此消失於歷史舞台的可能性也相當大。實際上，雖然信長拋下自己的軍隊逃亡而勉強存活了下來，但是也受到了相當大的打擊。
而同時，原本就是信長死對頭的三好家，也趁機打進了京都附近。最致命的，還是當時最具影響力的新興佛教一向宗（信仰阿彌陀佛的淨土宗一派）總本山石山本願寺，竟然把信長稱為「佛敵」，號稱「不反信長就不是本派門徒」。當時的一向宗，不只控制了其本部石山本願寺所在的大阪一帶，在加賀地方，一向宗的門徒們甚至把原本當地的統治者殺掉，成立了一個由教徒們所控制的「一向宗王國」。本願寺的經濟力和以門徒為主的軍事力及影響力，由此可見一般。
聽到這個消息的信長幾乎昏倒。信長所面臨的危機，其實某種意義上遠超過戰勝今川家的尾張時代。因為當時雖然處境困難，但是最少還知道「打倒義元就能勝利」。但是現在的信長，卻是四面受敵，不知道要從何下手。每個敵人，都有消滅自己的能力。而這些敵人，都是被信長所保護的將軍義昭發揮影響力而召集的。
而同時間，在伊勢地方更發生了「一向一揆」暴動。所謂的「一揆」的意思就是「眾心齊一」，簡單的說就是一向宗信徒的武裝暴動。在這個暴動裏，信長的親弟弟被暴徒襲擊殺害。而且最重要的，是伊勢緊鄰信長的出身地尾張，等於敵人打到了自己家門口。據守京都的信長，也因為必須防止京都被其他反信長勢力趁機入侵，於是只好眼睜睜看著自己親弟弟信興被殺。
那麼信長，是如何逃出這個「絕體絕命」的危機呢？
信長發現了包圍網唯一的破綻。
當時的將軍足利義昭，還是在信長的控制下。而信長也知道，自己現在面臨這樣的危機，百分之九十九是義昭搞的鬼。一般常人如我們，會作的應該是「見笑返生氣」，把義昭宰了出氣。但是如果這樣作的話，除了四面楚歌的情形不變，身上會再背一條「殺害將軍」的大逆之罪，可能滅亡的速度會更加速。而信長這個天才，卻在此時大膽地要求義昭出面讓自己和淺井及朝倉聯合軍講和。
大家都知道，義昭此時賭爛信長得要死，本來這個「信長包圍網」就是義昭一手打造的。那麼，為什麼義昭還要出手搭救大難臨頭的信長呢？信長用了什麼魔法？
讀者們不知道還記不記得，包圍網中的西方，是殺害前任將軍的三好家。如果信長買單，那麼上京的，就是對義昭來說是殺兄仇人，而且也曾經想要幹掉自己的三好一族了。
信長就是利用這個弱點，恐嚇義昭出面緩頰的──如果我信長完了，三好家一上京，我看將軍大人您性命也朝不保夕吧？義昭被信長一嚇，果然真的出馬說動淺井朝倉聯軍，和信長達成了和談。而最後當時的天皇也下令大家和解，於是本願寺、淺井朝倉家、三好軍大家全部打道回府了。
就這樣，信長渡過了可說是生涯最大的危機。之後，信長開始主動出擊，準備掃除這些和自己作對的舊勢力。